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作者：haoxingheng 基因組測序是一種新型基因檢測技術，它可以從血液或者唾液中分析測定基因全序列，用來預測疾病，個人的行為特征等等。實現這一項技術需要海量的計算支持，常常需要等待一段時間才可以獲得檢測結果。然而，Edico Genome推出的“龍”硬件加速卡將測序計算時間由30小時縮短到26分鐘，很快就可能優化實現實時計算的目標。 IBM Power Systems最近在《華盛頓郵報》官網上發表了題為“Powerful computing crunches genomic data at warp speed”的文章，文章描述了Edico Genome使用硬件加速器來加速基因研究的海量計算。Edico Genome董事長兼CEO Pieter van Rooyen和他的團隊在南非進行血液分析的工作，主要面向兩種疾病：艾滋病（HIV）和肺結核（tuberculosis）。同時他們也開發了一款定制的硬件加速卡來加速計算，這款加速卡就是“龍”卡，卡上集成了基于IBM Power8處理器的S822LC高性能計算服務器和Xilinx 28nm FPGA。 
加速卡計算的效果如何呢？“之前一個基因組測序需要大約30小時” van Rooyen說，“我們已經把計算時間降到26分鐘，很快，我們就會進一步優化到10分鐘”。他預計一個全序列基因編譯可以在接近實時的時間內完成。 視頻地址：http://static.video.qq.com/TPout.swf?vid=d0315b41p3d&auto=0 Stone在視頻中解釋說，FPGA加速卡將處理時間縮減到6分鐘左右，而純軟件處理大概需要6小時，FPGA硬件加速提供了約50X~60X的加速性能。目前Edico Genome“龍”卡上用的是Xilinx 28nm器件，公司已經考慮在他們下一代的板子上使用Xilinx UltraScale器件，在現有基礎上再獲得5X的加速性能提升。 |
